Natura 2000-gebieden zijn Europese beschermde natuurgebieden waar extra stikstofdepositie schade kan toebrengen aan kwetsbare habitats; daarom moeten deze vergunningen grondig worden onderzocht.

In 2020 hebben de luchthavens nieuwe vergunningen aangevraagd omdat er lange tijd geen besluit viel. De actiegroep Mobilisatie voor het Milieu (MOB) heeft zelfs opgeroepen tot een vliegverbod en een boete, met het argument dat de uitstoot een negatieve invloed heeft op de nabijgelegen Natura 2000-gebieden.

Eerder stelde de minister een plafond op de stikstofuitstoot voor in plaats van vergunningen, maar de rechter oordeelde dat dit besluit onvoldoende juridisch onderbouwd was. De rechtbank benadrukt dat een vergunning noodzakelijk is vanwege de nabijheid van beschermde natuurgebieden en de uitbreiding van de luchthavens.

Lelystad Airport lijkt te functioneren zonder de vereiste natuurvergunning; de opvolger van minister van Landbouw Christianne van der Wal, Van Essen, is verplicht om binnen acht weken tot een nieuw, rechtsgeldig besluit te komen.

Eindhoven heeft begin januari een vergunning aangevraagd nadat uit metingen was gebleken dat de maximale stikstofemissies in 2025 zouden worden overschreden. De rechter oordeelde dat de minister onvoldoende had toegelicht waarom de handhaving nog niet van start is gegaan. Een woordvoerder van het ministerie zei: “We buigen ons momenteel over de uitspraak.”